Ghost in the Shell: Innocence bir polisiye iskeleti üzerinde insan olmanın bedene mi, belleğe mi yoksa başkasıyla kurulan ilişkiye mi bağlı olduğunu araştırır. Batou'nun neredeyse bütünüyle mekanik bedeni, onu robotlardan kesin biçimde ayırmaya yetmez.
Film boyunca karakterler Budist metinlerden, Konfüçyüs'ten ve Batı edebiyatından alıntılar yapar. Bu yoğunluk gösteriş için değil, özgün düşünce fikrini sorgulamak için kullanılır: İnsanların sözleri de tıpkı makinelerin programları gibi daha önce kurulmuş cümlelerden oluşabilir.
Mamoru Oshii'nin şehirleri kalabalık olduğu halde yalnızlık hissi taşır. Festival geçidi, cam yüzeyler ve tekrarlanan malikâne koridorları, gerçek mekân ile simülasyon arasındaki ayrımı bilinçli biçimde bozar. Kenji Kawai'nin müziği teknolojik dünyaya törensel ve eski bir ses ekler.
Batou'nun köpeğiyle kurduğu gündelik ilişki, filmin soyut sorularına küçük fakat önemli bir karşılık verir. İnsanlık kesin bir özden çok bakım verme ve karşılık beklemeden bağ kurma kapasitesinde belirir. Finalde suç düzeni açığa çıkarılsa da bedenlerin meta olarak üretilmesi sorunu çözülmez. Innocence, teknolojinin insanı ortadan kaldırmasından ziyade insanların canlı ve cansız bedenleri kullanma biçimine odaklanır.